IFPEN assure une mission d’expertise indépendante et reconnue auprès des pouvoirs publics, des industriels, des collectivités locales voire des instances judiciaires.
À ce titre, IFPEN s'est doté d'une structure dédiée à l'expertise scientifique institutionnelle et d'une charte s'appuyant sur la charte nationale de l'expertise proposée par le ministère de l'Éducation nationale, de l'Enseignement supérieur et de la Recherche (MENESR) ainsi que sur la norme NF X50-110 « qualité en expertise ».
La mission d’expertise concerne l’ensemble des domaines d’activités d'IFPEN.
Les principes déontologiques sur lesquels est fondée l'expertise d’IFPEN sont la compétence et la fiabilité, la transparence méthodologique, l'impartialité, la confidentialité, l'absence de conflits d'intérêt et la neutralité, ainsi que le respect des engagements.